大师球作为最珍贵的捕捉道具，其使用策略直接影响游戏进程效率。根据游戏机制，大师球设计为100%捕获率，建议优先用于难以捕捉的传说宝可梦或特殊形态精灵。超梦作为关都地区最具代表性的传说宝可梦，常被列为大师球的首选目标，其位于华蓝洞窟最底层，等级高达70级且拥有极低的基础捕获率。部分改版游戏中超梦Y形态需要特定条件才能触发，但原版火红仅存在普通形态。
三圣鸟同样属于高价值捕获目标，但相比超梦更具策略性选择空间。火焰鸟栖息在1号岛灯火山顶，闪电鸟盘踞于无人发电厂深处，急冻鸟则隐藏在双子岛瀑布后方。这三只传说宝可梦等级均在50级左右，基础捕获率均为3，使用高级球配合状态异常战术仍有较高捕获概率。因此若追求全图鉴收集，可将大师球保留给更难遭遇的幻之宝可梦。部分特殊形态如mega喷火龙X需携带大师球才能进化，这种功能性用途也值得考量。
游戏进程中的资源分配需要科学规划。一周目通关前仅能通过剧情获得1颗大师球，在金黄市西尔佛公司击败火箭队后由社长赠送。二周目在华蓝洞窟楼梯层有概率拾取第二颗，但出现几率极低。部分改版游戏会调整大师球获取数量，如某些版本初始即配备多颗大师球用于捕捉日月神兽，但原版设定必须谨慎使用该资源。捕获失败后的重置成本较高，建议遭遇稀有精灵前手动存档。
战术准备方面，即使使用大师球也需做好战斗部署。传说宝可梦通常携带强力的专属技能，如超梦的精神击破具有穿透特性，急冻鸟的绝对零度存在即死效果。队伍中应配置能够承受至少两次攻击的精灵，确保投掷大师球时的生存能力。状态异常虽然不影响大师球效果，但能有效降低战斗风险。特别提醒闪光宝可梦与普通个体捕获难度相同，不必为此浪费大师球。
专注通关的玩家建议优先处理超梦，其600的种族值能显著提升队伍强度；全收集向玩家则应考虑梦幻等特殊遭遇目标；竞技向玩法可能更需要保留大师球用于捕捉对战关键精灵。游戏后期可通过联机交换获取其他版本限定精灵，不必过度消耗大师球在可替代目标上。所有传说宝可梦均可通过常规精灵球捕获，大师球仅是效率优化方案而非必需品。
资源管理上建议建立优先级清单：超梦＞闪电鸟＞急冻鸟＞火焰鸟＞其他特殊形态。该排序综合考量了精灵强度、捕获难度及实战价值。游戏内文本不会提示大师球的最佳使用时机，这个决策完全取决于训练家的战术判断。任何精灵只要血量降至红色状态并有状态异常，用高级球捕获的概率都会大幅提升，这种通用技巧能有效减轻大师球的使用压力。
